Органи на БФС на национално равнище са:конгрес;управителен съвет;контролна комисия;комисията по етика; комисията по качество.Управителният съвет на БФС се състои от председател, двама заместник-председатели, главен секретар и членове.
Управителният съвет на БФС:свиква конгрес;осигурява изпълнението на решенията на конгреса; управлява имуществото на организацията;създава и води националния регистър на членовете си и обнародва в "Държавен вестник" списък с имената на лицата, регистрирани да упражняват професията; осигурява защита на данните в регистъра от неправомерен достъп;ръководи дейността на БФС по изпълнението на неговите функции;избира и освобождава представителите на съсловната организация във Висшия медицински съвет и Висшия съвет по фармация към министъра на здравеопазването.
Председателят на управителния съвет на БФС организира и ръководи работата му и го представлява.
Заместник-председателите подпомагат председателя в дейността му и го заместват по време на отсъствие.
Главният секретар на управителния съвет:организира и ръководи дейността по изпълнението на решенията на управителния съвет; организира заседанията на управителния съвет;организира дейността по техническото и административното осигуряване на цялостната дейност на управителния съвет.
Контролната комисия на БФС: контролира законосъобразността и съответствието с устава на взетите от управителния съвет решения и тяхното изпълнение;представя пред конгреса на БФС отчет за своята дейност и предложения за освобождаване или неосвобождаване от отговорност на членовете на управителния съвет.
Комисията по етика на БФС се произнася по въпросите, свързани с прилагането на професионалните, морално-етичните и деонтологичните норми, възникнали при упражняването на професията "магистър-фармацевт"; изготвя проект за Кодекс за професионална етика на магистър-фармацевта;произнася се по искане на съответните регионални комисии по етика и качество;оказва методична помощ на регионалните комисии по етика и качество.
Комисията по качество:разработва и контролира прилагането на правилата за добра фармацевтична практика;работи за утвърждаване на висок професионализъм при упражняване на професията "магистър-фармацевт";разработва и утвърждава програмите за продължаващото обучение на магистър-фармацевтите;организира провеждането на квалификационни курсове за магистър-фармацевти;участва в изготвянето и дава становища по проекти на нормативни актове в областта на фармацията.
Учредителния конгрес на БФС, се състоя на 10.02.2007 г., 503 делегати гласуваха доверие на изявени свои колеги, които да представляват и ръководят оперативно БФС. В централните ръководни органи бяха избрани с мажоритарен вот 34 магистър фармацевти с три годишен мандат.
На 29-30.06.2013г. в НДК се проведе Четвъртия редовен конгрес на БФС. Делегатите избраха нов състав на централните органи на БФС, приеха промени в Устава на съюза и гласуваха програма за управление на БФС и заключителна декларация на конгреса.
|